O procedimento básico de operação de uma fresadora CNC normalmente inclui ligar, retornar ao ponto de referência, inserir o programa, fixar a peça, configurar a ferramenta, usinar e desligar. Os procedimentos operacionais de segurança devem ser seguidos durante a operação, como usar equipamento de proteção adequado e usar corretamente o botão de parada de emergência. O painel de controle do sistema CNC geralmente consiste em um monitor CRT, um painel MDI e um painel de controle da máquina-ferramenta. A programação é uma habilidade essencial para operar uma fresadora CNC, envolvendo programação manual e automática.
A seleção dos parâmetros de corte deve seguir alguns princípios: o desbaste visa altas taxas de remoção de metal, enquanto o acabamento visa alta qualidade superficial. Parâmetros chave como velocidade de corte Vc e avanço da mesa F podem ser calculados usando fórmulas.
